波特蘭拓荒者(2006–2011)
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羅伊在2006年NBA選秀中
羅伊的職業生涯開始於2006年7月的東芝拉斯維加斯夏季聯賽.，在聯賽中他得到了每場平均19分，命中率達到了65%，[4]並且入選了維拉斯夏季聯賽第二陣容。[5]
羅伊被NBA助理教練選入在拉斯維加斯2007年NBA全明星周末新秀-二年級生的比賽。[6]賽季結束後，羅伊當選為2006-07賽季NBA最佳新秀，賽季平均16.8分，4.4籃板，4.0助攻，在128張選票中有127票的第一選項選擇了羅伊。在2008年12月18日在主場迎戰鳳凰城太陽隊的比賽中，攻下生涯新高的52分，外帶5籃板6助攻的全能表現率領球隊擊退太陽隊，再度證明自己的身手已成為聯盟頂級後衛。[7]
於2011年12月10號，雙膝因傷而失去半月板，無法再正常進行球賽，因而宣佈退休，當時羅伊只有27歲，令大量球迷感到惋惜。
明尼蘇達灰狼(2012–2013)
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2012年8月1日，布蘭登·羅伊正式簽約明尼蘇達灰狼隊，合約為期兩年，價值超過1040萬美元，其中只有第1年的500萬美元是有保障的。羅伊拒絕了德瑞克·威廉斯讓出7號的好意，改穿華盛頓大學時候的3號。
2012-13賽季，羅伊代表灰狼出戰五場例行賽，每場平均拿下5.8分2.8籃板4.6助攻之後，傷勢再度復發，被迫接受右膝關節鏡手術。2012年11月19號，羅伊完成了右膝關節鏡手術，這是羅伊自高中以來的第七次膝蓋手術，此後羅伊再也沒有出現在球場過。
2013年5月11日，明尼蘇達灰狼隊官方正式宣布裁掉布蘭登·羅伊。
2013年6月23日，在接受波特蘭媒體採訪時，羅伊表示自己的籃球生涯已經徹底結束，並再次宣布退休。